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芯片的温度对暗电流有至关重要的影响，会导致信噪比和成像质量变差，在光信号较弱且曝光时间较长时尤为如此。这意味着相机散热很重要，但这在荧光成像中并非***必要。由于散热措施对系统成本有***影响，因此大多数相机并没有采用主动散热措施，这对于荧光信号良好的应用而言已经足够。但即便如此，这些相机中的设计也会影响芯片温度。所以，应该通过低功耗的模式来操作相机以避免设备发热。此外，还应通过内部硬件设计以及将相机安装在另一个散热载体上来有效地将热量传输到外部。可以使用热电元件（珀尔帖效应）主动为芯片散热，通常可借助集成风扇将珀尔帖元件产生的热量排散到外部。当元件的温度低于环境温度时，风扇还有助于防止出现冷凝水。如果需要避免在系统中出现振动（可能由风扇引起），某些相机还可以支持水冷。
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